L’effondrement des systèmes communistes s’accomplit en 1989 dans les pays de l’Europe de l’Est et de l’Europe centrale. Durant les événements dramatiques entre Noël et le Nouvel An, le P. Werenfried se rend en Roumanie et rencontre pour la première fois également des évêques de l’Eglise gréco-catholique qui vit toujours dans la clandestinité. Une première action d’aide démarre.
1990 : Premier congrès international des collaborateurs de l’Oeuvre à Vallendar sur le Rhin (Allemagne). Plus de 200 collaborateurs du monde entier réfléchissent sur la situation nouvelle en Europe de l’Est et en Union Soviétique, et sur l’aide possible. Des évêques présentent des rapports sur les années de persécution dans leurs pays. On élabore le projet de la première chapelle roulante « nouveau modèle ». On ouvre un nouveau secrétariat national en Australie.
1991 : l’Oeuvre participe au retour à Lviv (Ukraine) du cardinal Lubachivsky, en exil à Rome. Le P. Werenfried accompagne le cardinal et peut, après une messe d’action de grâce dans la cathédrale de Lviv, s’adresser à des centaines de milliers d’auditeurs qui ont attendu patiemment sur la place de l’Opéra. L’Aide à l’Eglise en Détresse soutient la réorganisation de l’Eglise gréco-catholique qui a survécu dans la clandestinité avec plus de cinq millions de fidèles.
1991-2000 : L’AED soutient la construction ou la reconstruction de plusieurs séminaires à travers toute l’Europe centrale et orientale, et accompagne des centaines d’autres actions de renaissance de l’Eglise dans ces pays.
1995 : Extension et intensification de l’aide en République populaire de Chine.
1996 : Deuxième congrès international des collaborateurs à Königstein sur le thème « Les conséquences du communisme : Foi et Eglise en Russie, en Chine, en Ethiopie et à Cuba. »
2001 : A la fin du mois de juillet le P. Werenfried rencontre le Pape Jean Paul II lors du voyage Apostolique du Pape en Ukraine. A Lviv le Pape bénit le terrain sur lequel un séminaire pour les prêtres gréco-catholiques et une faculté de Théologie seront érigés grâce à l’Aide à l’Eglise en Détresse.
