En 1992, débute un vaste programme d’aide pour la nouvelle évangélisation en Europe de l’Est et dans les Etats de la CEI. Premier voyage cette année-là du P. Werenfried en Russie. Il y rencontre le patriarche Alexis II de Moscou 
et d’autres évêques orthodoxes, à Saint-Pétersbourg et à Novgorod. Le P. Werenfried lance un appel à la réconciliation de la chrétienté divisée et demande l’aide des catholiques pour l’Eglise soeur orthodoxe. Comme il avait fait appel à l’amour des « ennemis d’hier » après la guerre, il prêche à présent l’effort de dépassement du schisme des deux Eglises, qui existe depuis 1054 entre l’Est et l’Ouest. Une aide pour les activités pastorales est promise à l’Eglise orthodoxe russe. Déjà, en 1988, l’Oeuvre avait obtenu des autorités soviétiques un permis d’importation pour 120.000 Bibles dont beaucoup sont envoyées à des croyants orthodoxes. Et, bien avant la perestroïka, l’AED soutenait clandestinement des confesseurs de la foi orthodoxes comme le P. Alexandre Men et diffusait leurs œuvres.
1993-1997 : L’action d’aide à l’Eglise orthodoxe se met en place.
1998 : Continuation de l’action des chapelles roulantes, avec maintenant pour la Russie une « chapelle flottante » sur la Volga et le Don.
2000 : l’AED réaffirme sa volonté de coopérer avec « l’Eglise sœur orthodoxe », même « si elle doit effectuer une traversée du désert ». « Les partenaires orthodoxes doivent savoir qui nous sommes et ce que nous voulons: nous sommes une organisation d’aide religieuse qui veut servir la réconciliation en reconnaissant pleinement l’Orthodoxie en tant qu’Eglise du Christ. »
2001 : La visite du Pape en Ukraine au début de l’été 2001 a été ressentie par le Patriarcat de Moscou comme une agression et une irruption dans le cœur d’une région « canoniquement » orthodoxe. Mais par la suite, de nombreuses rencontres et de nouveaux échanges ont laissé percevoir que ce point mort pouvait être surmonté. Mentionnons par exemple les projets interconfessionnels à Moscou et St. Pétersbourg dont l’origine est étroitement liée à l’AED, tels que Radio Sofia, Radio Dar, Blagovest Media (agence d’informations), Zavet (production vidéo). L’AED appuie aussi d’autres projets interconfessionnels dans le cadre de publications et groupes œcuméniques. A cet égard, il y a lieu d’évoquer les rencontres avec les responsables de l’Institut Biblique et Théologique et de la Dukhovnaya Biblioteka à Moscou ainsi qu’avec le directeur du Orthodox Research Institute of Missiology and Ecumenism à St. Pétersbourg. Pour l’AED toutefois, ce sont les contributions à la formation des prêtres qui restent prioritaires dans le cadre de séminaires et d’écoles spirituelles. Les boursiers orthodoxes sont nombreux.
2002 : les rencontres se poursuivent, mais la situation entre les deux Eglises est qualifiée « d’immobile » par l’AED. Notons en Syrie tout de même, le soutien de l’AED sur 2 projets de construction d’églises, projet commun de l’Eglise grec-catholique et de l’Eglise grec-orthodoxe, l’église St Joseph à Alep et une autre à Damas.
2004 : consécration de la troisième chapelle flottante à Volgograd.
2005 : Benoît XVI poursuit l’effort de son prédécesseur dans le sens de la réconciliation. Les grandes Églises, étroitement liées, font face à des défis comparables tels la sécularisation et le relativisme qui ont une dimension mondiale, avec toutes les conséquences dévastatrices pour l’Homme et pour sa dignité ; sans compter les questions concernant l’Islam ou le terrorisme. Une réponse commune fortifie les deux Églises, mais l’incapacité à le faire les affaiblit.
2006 : une année marquée par un « vent de changement ». En témoigne par exemple « Blagovest Media » (production chrétienne de cinéma à Saint-Pétersbourg) qui s’est chargée de produire le premier film sur Benoît XVI, conçu en langue russe et destiné à un public russe.
