En 1999, il participe au Congrès “Communion et Libération” (CL) à Rimini, en Italie. Il est reçu en audience chez le Pape Jean-Paul II à l’occasion de la présentation de la nouvelle présidence de “Aide à l’Eglise en Détresse” à Rome en octobre.
En mai 2000, il célèbre une messe solennelle à Rome ainsi qu’en juillet dans la cathédrale de St Hertogenbosch (Pays-Bas) à l’occasion du 60ème anniversaire de son ordination sacerdotale (25 juillet 1940). Après la Sainte Messe célébrée avec le Père Alliende, l’assistant spirituel international de l’Oeuvre, le Père Werenfried lui remet la petite croix qui durant des années avait trouvé place sur son bureau, en le priant de la remettre à son tour à son successeur.
Jusqu’à sa mort, malgré son âge et sa fatigue, le Père Werenfried écrit encore régulièrement dans le Bulletin, et continue quelquefois à quêter avec son “chapeau à millions”. Le 17 janvier 2003, le fondateur fête son 90ème anniversaire : des cérémonies en son hommage ont lieu à Limbourg (Allemagne) et d’autres sont prévues à Notre Dame de Paris le 5 février. Mais il s’éteint le 31 janvier 2003 laissant derrière lui une oeuvre immense. L’AED veut rester fidèle aux objectifs fondamentaux du P. Werenfried et poursuivre son action d’aide aux chrétiens en détresse.
L’aspirant prêtre maladif de 1934 était devenu un organisateur brillant, un prédicateur passionnant et un missionnaire populaire très connu. Il faisait jusqu’à 9O sermons par mois et voyait dans la “mendicité” son charisme propre. Avec son “chapeau à millions” troué, déjà devenu légendaire, on le trouve, aujourd’hui encore, aux portes des églises après les messes et aux sorties des salles après ses conférences, collectant pour son Oeuvre.